多位學者和官員曾指出，行政模式的審計體制及行政干預是我國現行國家審計獨立性的核心損害因素。
建議責任人請辭制
蘭州大學經濟學院教授、中國審計學會常務理事楊肅昌表示，做好對審計報告披露問題的行政問責，是加強審計報告監督力度應該深入的方向，而完成行政問責的主體應該是全國人大。
楊肅昌認為，在必要的情況下，人大應該要求審計報告披露問題的部委負責人參加聽證會，接受質詢；對產生重大社會影響的問題責任人，應該建立請辭制度。
而寧波大學商學院會計系教授宋夏云一篇題為《中國國家審計獨立性的損害因素及控制機制研究——基于246位專家調查的初步證據》的論文指出，作者于2005年9月15日~10月15日,對全國審計、會計界246位專家進行了網上問卷調查。調查結果如下: 行政模式的審計管理體制、行政干預和利益誘惑是影響我國國家審計獨立性的三個核心因素。其中，154人（62.60%） 認為我國未來國家審計體制創新的理想模式是立法型。65人（26.42%）選擇支持獨立型。
相關研究顯示，目前在世界上采用行政型體制的國家比較少，議會型是主流。采用議會型、司法型和獨立型的國家占80%以上。
早在2004年，時任國家審計署副審計長項俊波撰文提出：“改革現行行政型模式為立法型模式的審計體制，設立與國務院、最高人民檢察院、最高人民法院相平行的審計院(即一府三院制)。審計院直接向全國人民代表大會和全國人大常委會負責并報告工作。”在審計界，項俊波被認為是審計院框架的倡導者。目前，這一改革也像中國其他有關行政體制的改革一樣，進展緩慢。（投資者報）