自2025年1月1日至3月31日，扣繳單位財務人員可通過自然人電子稅務局(扣繳端)“退付手續費核對”模塊申請辦理2024年度個人所得稅扣繳手續費退付。
根據《國家稅務總局 財政部 中國人民銀行關于進一步加強代扣代收代征稅款手續費管理的通知》(稅總財務發〔2023〕48號)規定，代扣、代收扣繳義務人和代征人應于每年3月31日前，向稅務機關提交上一年度“三代”稅款手續費申請相關資料，因“三代”單位或個人自身原因，未及時提交申請的，視為自動放棄上一年度“三代”稅款手續費。
根據《中華人民共和國個人所得稅法》第十七條規定，對扣繳義務人按照所扣繳的稅款，付給百分之二的手續費。
具體操作步驟如下
登錄自然人電子稅務局(扣繳端)。
點擊左側菜單“退付手續費核對”，進入“退付手續費核對”界面，系統自動彈出確認信息提示框，點擊【我知道了】，系統自動帶出單戶核對清冊。
勾選單戶核對清冊，點擊【下一步】。
查看并確認結報單，查看申請退付手續費金額，選擇“開戶銀行”“銀行賬號”等信息，點擊【申請退庫】。
系統彈出提示框，點擊【提交】。完成后系統將推送至稅務機關及國庫審核，審核通過后，申請的手續費將退到扣繳義務人辦理退付手續費時選擇的銀行賬戶內。