1934年，王柏棟任紅二十六軍四十二師直屬炮連連長，經中共陜西省委同意到漢中找陜南特委汪鋒、張德生匯報工作，10月回到商洛鎮顯神廟，回想自己和同志們在陜甘邊的浴血奮斗過程，百感交集。10月29日，他在自家墻壁上用毛筆寫下“為了人類未來的光榮，終要渡此血的慘辜生涯”的誓言以自勉。同年11月，紅二十五軍一個小分隊在中共商洛特委成員、少年宣傳隊隊長程啟文領導下，在丹鳳縣孫家山一帶組建蘇維埃政權，受到敵人“圍剿”。他得知后，立即向幼年學友、商洛鎮民團團總張虎森開展統戰工作，勸他在民族危亡時候要團結對外。

　　1935年春，程啟文、張虎森及其一位姓吳的秘書相聚在柏棟家中商議，達成了互不侵犯協議。之后，張虎森還給紅二十五軍小分隊訂了幾份報紙，經常派老百姓送來。國民黨軍隊一有行動，他就派人來秘密通報。3月，商縣、洛南、商南三個縣的偽保安團和陜軍兩個營來圍剿孫家山，張虎森派心腹送來密信。王柏棟冒雪徒步80余里，來到孫家山和紅二十五軍小分隊隊長程啟文取得聯系，使紅軍安全轉移。之后，他又回到甘肅慶陽以北150里華池縣南果中華蘇維埃陜甘邊區政府，主席習仲勛、秘書長張文華、軍事委員會主席劉志丹，張文華后來回憶說“我在慶陽南果第三次見到王柏棟，他這次是由家里來的，他還帶來了紅二十五軍關于怎樣分地的文件，還帶來有紅二十五軍自編的歌曲。如：莫打鼓來莫敲鑼，聽我唱個兵變歌，地主要苛官要捐，逼不過才進了營盤，出得門來去當兵，只望當兵有出息……”

　　9月初，紅二十五軍到達陜北，在所謂的“肅反”中，王柏棟同紅二十六軍大部干部被錯誤關押在“瓦窯堡監獄”。他在獄中渡過了一個多月。10月，中央紅軍到達陜北吳旗

　　鎮，毛主席派周恩來親自去接管了“瓦窯堡監獄”，很快處理了這一大錯案，全部釋放了在押人員。在延安以北的一個大村莊，王柏棟巧遇他在家鄉救助過的紅二十五軍小分隊長程啟文。他一把攔住剛剛勝利到達陜北的程啟文，高興地說：“小程同志，你們終于來到陜北，我們又匯合了！這一回可不象在我家鄉秘密接待你，我們要好好犒勞犒勞紅軍同志。”

　　1936年，在“一二、九”運動影響下，西安各界學生救國會和西安學生救國聯合會相繼成立。4月9日，周恩來在延安橋兒溝與東北軍將領張學良就聯合抗日問題進行談判。紅軍為了保持抗日實力和表示抗日誠意發表“停戰協議和一致抗日”通電。紅軍西征，張毅忱回憶“柏棟又從紅一方面軍總政治部地方科科長調任紅十五軍總政治部地方科，后又到敵工部任科長，先后到保安（今志丹縣）靖邊定邊、寧夏的鹽池、玉王縣和陜甘等地做爭取群眾工作，工作積極主動，能及時完成上級分配任務，一般同志完不成的任務他能完成，很會做群眾工作，大家對他影響很好”。這年8月，中共陜甘寧省委書記李富春組織成立預?？h回民自治代表大會籌備會，成立有李富春、王首遞、程子華、唐天際、黃鎮、王柏棟、楊奇清、馬青年，用投豆子的方式民主選舉了我黨領導的民族自治政府，開創了我黨民族自治的先河，還組建了一支“抗日救國江湖游擊隊”。馬青年任隊長，政委是紅十五軍團地方工作部部長王柏棟。江湖游擊隊的隊員一部分是當地貧苦的回漢群眾，一部分是哥老會，協助紅軍擾亂和牽制敵人。“雙十二”事變以后，部隊奉命南下，從寧夏玉王縣出發經甘肅慶陽進入陜西永青，通過藍天到達商縣，住在商縣城內學校。因王柏棟是當地人，他就搞地方工作。部隊在商縣住了兩個月。期間，他發動群眾，組織籌糧籌款，發展組織。

　　1937年1月，中共中央中華蘇維埃政府發表《為號召和平停止內戰通電》，陜西學生抗日救助運動高漲，在西安高中召開陜西學聯大會，成立陜西省學生救國聯合會，李連壁任學聯主席。為加強對學聯工作的領導，成立了中共陜西省委學生工作委員會，黃學源任省委學委書記。“七七”事變爆發，8日，中共中央發表《中國共產黨為日軍進攻蘆溝橋通電》，號召全國人民與軍隊團結起來，筑成民族統一戰線的堅固長城，抵抗日本帝國主義的侵略。同年8月，王柏棟任紅十五軍團募補處負責人。這時，中國工農紅軍改編為國民革命軍第八路軍，開赴抗日前線，遂在涇陽縣云陽鎮建立了八路軍一一五師留守處，王柏棟任地方科科長。后又根據工作需要，中共陜西省委派他任中共商洛工委書記。同年11月，他返回家鄉商洛鎮，就把他家作為中共商洛工委工作辦公的地方。12月下旬，他參加了陜西省委在云陽鎮召開的傳達中央政治局關于洛川會議精神的擴大會議。會后，王柏棟根據家鄉群眾受紅軍影響易發動的優點，以他母校兩嶺朝陽樂育小學為中心，廣交進步師生，并向師生教唱抗日救亡歌曲，開展抗日救亡宣傳，從中發現并培養積極分子。同時，他又把發動范圍擴大到龍駒寨小學、商縣中學、商洛鎮農村和民團中，先后建立了中華民族解放先鋒隊、抗日促進會、國難研究會、婦女救國會和抗敵后援會等抗日救亡組織。在此基礎上，他積極發展了王連成、劉丹東、米信公、王士哲、鞏德芳、鞏德勝、王柏梁、王柏東（柏棟兩個弟弟）、薛興軍、彭一民、陳壽益、陳效真、雷振杰、劉煥搖、李長華等一批20多名共產黨員，建立了商洛鎮、兩嶺村、商縣中學3個黨支部和龍駒寨黨小組，并分批把黨員、民先隊員送到中共黨校、抗日軍政大學及安吳堡青訓班學習。同時，他還廣泛結識王估卿、王建三、張德祥、劉筱齋、劉松林等開明人士，并對一些地方民團頭目宣傳我黨的抗日主張，很快結成當地抗日民族統一戰線。